A vegetação do Parnacanastra é típica do cerrado nas partes altas (campos limpos), mas apresenta manchas de transição para mata atlântica nas partes baixas, onde as terras são férteis e ainda mostram glebas de florestas fechadas, principalmente em grotas e vales, com um rico ecossistema. Por causa das gramíneas, características dos campos de altitude, a maior parte do Parque é propensa a incêndios de grandes proporções no período mais seco do ano, de junho a outubro.
Nos cenários das serras da Canastra e da Babilônia são encontradas espécies típicas como a arnica-do-campo, a fruta-do-lobo, o pau-santo, o pau-de-colher, além de bromélias e orquídeas. Nos campos, a canela-de-ema chama a atenção pela sua forma inusitada. Nas matas surgem o cedro, o araribá, a canela e a paineira, algumas com mais de 25 metros de altura.A área do Parque e o entorno sofreram alterações ao longo dos anos pela prática de desmatamentos e de queimadas para a agricultura. Sofreu a ação da caça e da pesca predatória, da mineração e de garimpos clandestinos que reduziram as populações de aves, animais e da ictiofauna. Em alguns locais, as atividades de garimpo desviaram o curso original do Rio São Francisco em busca de diamantes.
Com
um bom guia e um pouco de sorte, os visitantes e turistas podem observar o
tamanduá-bandeira, o lobo-guará, o cachorro-do-mato, o urubu-rei,
o veado-campeiro, o tatu-galinha e algumas espécies de macacos. O raríssimo
tatu-canastra e o pato-mergulhão, ambos ameaçados de extinção,
ainda são encontrados vagando em locais específicos do Parque
a cada amanhecer e também no final do dia.
Entre as aves da região, as mais comuns são a siriema, o cará-cará,
o canário-da-terra, a perdiz, a codorna, o gavião, a coruja
e o curiango. Os bandos de tucanos e de araras dão cores e sons inusitados
aos céus da Canastra. Nas margens do São Francisco e de outros
cursos d'água também é possível avistar martins-pescadores,
patos e garças.
